远在人类文明15,000年前,地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後,现今日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋发掘来。其後三只史上最强大的怪兽—哥斯拉、摩斯拉及巴特拉碰头对决,虽然大怪兽摩斯拉及巴特拉联手成功将哥斯拉封印在海中,但人类的危机却并未解决,因为一颗超巨大的陨石将撞向地球…
G-Force定下了新的对G方法,名叫T计划。由大久保博士提出,内容是利用心灵感应控制哥斯拉,然後利用新发明能分开攻击的新莫基拉消灭哥斯拉,而同一时间有一只和哥斯拉一样拥有G细胞的宇宙怪兽太空哥斯拉正从太空飞来准备袭击地球,原来在1992年摩斯拉一役後,摩斯拉飞上太空时连同G细胞一同带往太空并和一些不知名物质结合後形成太空哥斯拉。人类到底能否逃过哥斯拉及太空哥斯拉的危机……
一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆,并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故,原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏,令牠体内核子分裂快速活性化,并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害,经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心,自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度,并可能引发全人类灭亡的核爆……