科学怪人约翰·达古一心要毁灭人类，他造成了冰川融化、海水淹没大地、10亿人丧生的惨剧还不罢休，还试图引发两极置换、破坏地球电磁场、以致彻底毁灭人类的所谓POLESHIFT。各国联合舰队为了夺回赖以生存的土地，决定深入海洋，向约翰·达古的南极基地发起核攻势。而青之六号就是联合舰队中人类寄予最后希望的一艘威力强大的潜水艇，在这场大战中发挥了举足轻重的作用。光看剧情就知道，这部动画片里有着众多的科幻机械设定和动感强烈的战斗场景。在1998年之前，虽然已经有了诸如《超时空要塞》也就是《太空堡垒》里面那华丽的宇宙空战场面，也有了《机动战士高达》、《变形金刚》、《新世纪福音战士》等一系列以未来的机器人战争为主题的动画名作，但是对于水的各种光影效果以及在水中高速行驶的超快速度感无法得到充分的展现。这个技术层面的强大制约力，导致对海洋的表现一直是SF(科幻动画)的一个致命伤。