接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事,一年前與哥吉拉(Godzilla)的決戰,機龍(機械哥吉拉Mechagodzilla)受損程度37%,失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時,嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告:人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤,如果出動機龍,摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐,希望能中止機龍的計劃。但就在此時,太平洋又出現哥吉拉
「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊,研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中,原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後,不明生命體的政擊再度出現,這次的目標竟然是紗綾香,翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門,與G3-X一同前住救援。突然間,G4出現了,他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前,G4的藍圖被盜,它的力量強大,但是穿戴它的人往往受不了而致命,到底是誰偷走G4後又製造它?不明生命體的攻擊到底來自何方?假面騎士顎門,G3-X,G4與不明生命體之間的戰爭