2261年，沃隆加入了阴影战争，但当沃隆开始摧毁他们认为受到阴影“影响”的整个行星时，他们的战术成为联盟关注的问【资源囤-ZiYuanTun.Com】。受这一事件的干扰，巴比伦5号招募了其他几个强大而古老的种族（第一种族）加入他们的事业，对抗阴影和漩涡。约翰·谢里丹上尉在逃离Z’ha'dum后返回空间站，但代价是：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。他身边有一个名叫Lorien的神秘外星人，他声称自己是银河系中最古老的有情生物。 　　在谢里登返回的几个小时前，加里波第在相当可疑的情况下获救并返回车站。他明显比以前更加偏执和怀疑其他外星种族和谢里登。 半人马座皇帝卡塔吉亚与阴影建立了关系。Londo Mollari策划了对Cartagia的暗杀，并否认了他与Shadows的协议。Londo杀死了Morden先生，并摧毁了基于Centauri家园的Shadow飞船，试图拯救他的星球免受Vorlon的破坏。在其他古代种族和几个年轻种族的帮助下，谢里登引诱沃隆和阴影进入一场巨大的战斗，在这场战斗中，沃隆和影子透露，他们一直是年轻种族的守护者，但由于哲学上的差异，最终将他们用作他们漫长战争中的棋子。年轻的种族拒绝了他们的持续干扰，沃隆和阴影，以及剩下的第一个种族，同意永远离开银河系。 　　在阴影被击败后，加里波第辞去了安全主管的职务，以“信息提供者”的身份独立工作。他开始为火星大亨威廉·埃德加工作，后者嫁给了加里波第的旧爱。虽然他与Edgars的合作越来越密切，但他对Sheridan的攻击性越来越强，最终离开了巴比伦5号。 Minbar被战士和宗教种姓之间的短暂内战所困扰。德莱恩秘密会见了勇士种姓的尼禄，并说服他双方都不能获胜。她告诉他，她将接受一个仪式，在那里她愿意牺牲自己，但会在她真正死前停止仪式。当尼禄看到她真的打算完成整个仪式时，他救了她，并牺牲了自己，宣称，虽然他生来就是战士，但在他的心中，他是虔诚的。 　　作为地球和巴比伦5号之间持续冲突的一部分，加里波底最终背叛了谢里丹，并安排抓捕他，以获得埃德加的信任并了解他的计划。加里波第后来得知，Edgars创造了一种只对心灵感应者有危险的病毒。据透露，加里波第实际上在第三季结束时被普西军绑架，并被贝斯特重新编程，以便在正确的时间向他提供信息。Bester释放了Garibaldi的程序，并允许他记住自被绑架以来所做的一切。Edgars被杀，他的妻子失踪，但在战争结束后与Garibaldi团聚。加里波第帮助谢里丹重获自由，并让他重返解放地球的运动。由巴比伦5号领导的联盟在一场短暂但血腥的战争中将地球从克拉克总统的极权统治中解放出来。这最终导致了克拉克的自杀和民主政府的恢复。火星被授予完全独立，谢里登同意辞去他的职务。不结盟世界联盟解散并改革为星际联盟，谢里丹当选为其第一任总统，并继续指挥游骑兵队，游骑兵队将充当银河系相当于联合国维和人员的角色。 　　在季末，展示了未来100年、500年、1000年和100万年的事件，描绘了巴比伦5号在历史上的持久影响。所展示的事件包括2261年内战的政治后果，随后在公元2762年发生的涉及新极权政府的地球核战争，地球由此陷入前工业社会，人类太空旅行知识的丧失和恢复，以及人类最终进化为类似于沃隆的能源生物，之后地球的太阳变成新星。