《宝可梦：超梦的逆袭 进化》的故事以一群充满激情和决心的科学家为主角，他们为了实现自己的梦想，投入了无数的时间和精力。他们的研究目标是制造出一种能够复制宝可梦的机器，这种机器只需要极少量的基因样本就能成功复制出各种宝可梦。在他们的研究中，他们发现了世界上最强的宝可梦，并决定将其复制出来。然而，这个最强宝可梦并不是一个普通的宝可梦，而是一个拥有比任何梦幻更强大的能力的超梦。当超梦醒来后，它却发现自己无法找到真正的自我，这让它感到极度的困惑和痛苦。火箭队的老大出现在超梦的面前，他用花言巧语试图拉拢迷失自我的超梦，希望它能为自己效力。然而，这种诱惑并没有持续多久，超梦很快就再次对自我感到迷茫。超梦决定回到那个曾经复制它的岛屿，开始它的复仇之战。它希望通过这场战斗，找回自己的自我，同时也要向那些试图控制它的人展示它的力量和决心。