和原著一样，故事仍然发生在美国内战期间，主角们乘坐热气球漂流到神秘岛。不同的是他们在岛上遇到了两个美女，她们是从百慕大三角意外穿越回去的现代人。这群人要一起对付凶恶的海盗、恐怖的生物和即将爆发的火山。最后他们遇到尼莫船长，在他的帮助下寻找逃离神秘岛的办法。
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