沖博士和沖五郎乘坐深海调查船《黑潮号》对日本海沟进行调查时，因为神秘组织的介入两人神秘失踪。事前他们秘密建造了超级潜艇99号，并将之托付给次男冲进。重视此事的日本政府从海上自卫队员中征集成员，利用99号去神秘组织的潜水舰队进行战斗的故事 CAST： 沖 進 ： 福山潤 沖 五郎： 水島裕 沖 重造：長克巳 大山 築： 森川智之 森木 深雪：堀江美都子 田貫 虎吉：中博史 海洋帝国 Hell · Deathbard: 沢木郁也 Z · Straight:井上喜久子 Ze · Stronestro:成田剑 Ze Stroger:雪野五月 Zei Stron:成濑诚 STAFF 原作・总设定・监修 - 松本零士「潜水艦スーパー99」 监督又野弘道 系列构成・脚本 - 藤川桂介 角色设计・总作画监督 - 嶋津郁雄 机械设计 - 板橋克己、原田吉朗 美术监督 - 土橋誠 色彩设定 - 吉田晴絵 摄影监督 - 久保和之 音响监督 - 早瀬博雪 音乐 - 溝淵新一郎 制片土橋哲也、岡川晃基 动画制作 - ベガエンタテイメント 制作 - AT-X、テレビ東京、ポニーキャニオンエンタープライズ、ムービーテレビジョン、円谷映像、ベガエンタテイメント