フランスで開催される世界パティシエコンテストに出場するためパリにやってきた、いちか達キラキラパティスリーの面々。しかし、突然シエルの調子が悪くなり、スイーツ作りも失敗ばかり、プリキュアへの変身もキラリンの姿でキュアパルフェになってしまい戦闘もできないなど、支障を来す状態となっていた。そんな時、コンテスト前夜祭のパーティー会場でシエルのパリ時代の師匠だったジャン=ピエール・ジルベルスタインと、彼に付いている妖精に似た女の子クックに出会う。シエルとジャン=ピエールは久しぶりに再会するが、「頼れるのは自分の力のみ」という信念を持つジャン=ピエールは、キラパティの仲間たちと仲良くスイーツ作りをするシエルの姿に落胆する。かつての師匠からそのように言われたことでシエルは落ち込むが、いちかはシエルを元気づけるため、昔シエルがジャン=ピエールに作ってもらったことがあるという、ミルフィーユをコンテストで作れば、と提案する。一方、パーティー会場にはスイーツを頬張るみらいたち『魔法つかいプリキュア!』の3人とモフルンの姿もあった。彼女たちは魔法の水晶（キャシー）のお告げにあった「降りかかる災い」から街を守るため、パリにやってきたのだという。いちかやシエル達がミルフィーユをいざ作ろうとしようとした最中、コンテスト会場では次々とパティシエが襲われ、パリの街中では謎の巨大スイーツが出現、さらにパリの街並みも本物のスイーツに変えられてしまう事態が発生する。混乱する街を救うため、魔法つかいプリキュアの協力を得ながらキラキラ☆プリキュアアラモードの6人は敵と戦う事になる。